南航的航线非常广泛，覆盖国内外多个城市。以下是一些南航的航线信息：
国内航线
北京往返成都、广州、深圳、长沙、重庆、三亚
广州往返成都、海口、杭州、昆明、南京、沈阳、武汉、西安、郑州、重庆、上海、三亚
深圳往返上海、杭州等
新开航线
广州-郑州-乌兰察布
珠海-南宁-成都
深圳-兰州-喀什
国际航线
亚洲：曼谷（BKK）、吉隆坡（KUL）、新加坡（SIN）、日本东京（TYO）、马尼拉（MNL）、达卡（DAC）、新德里（DEL）
欧洲、非洲、美洲、大洋洲等地也有到达的机场点
特别航线
南航C919飞机执飞的航线包括广州-成都天府、广州-上海虹桥、广州-杭州、成都天府-海口等
武汉直飞胡志明航线、长沙-东京航线等
南航的航班统一在广州白云机场T2航站楼办理登机手续。南航在海南计划执飞59条航线，通航点达32个，每日计划始发航班117班次。