磁悬浮列车的制动方式主要有两种：
电制动
利用直线电机原理，通过改变电机中的电流相序来改变电机的转向，从而将牵引力转变为制动力。
机械制动
利用摩擦力原理，通过制动闸瓦与轨道之间的摩擦阻力进行制动。
在高速情况下通常采用电制动，而在低速情况下则可能采用机械制动。在紧急情况下，电制动和机械制动可以同时使用。
除此之外，还有磁力刹车的方式：
当列车需要减速时，可以在相当于定子的悬浮电磁铁中通入反相交变电流，产生与列车行进方向相反的磁场，从而给列车一个制动力，实现减速。
如果不通入反向电流而仅停止供电，列车也会减速，但加速度会较小。
磁悬浮列车在减速时，由于惯性作用，可能还会继续滑行一段距离，但制动机制能够有效地控制列车的速度。