西瓜子主要来源于籽用西瓜的种子，籽用西瓜是西瓜的一种变种，其果肉通常是白色的，并且主要目的是收获瓜籽。这些籽用西瓜与常见的水果西瓜（果肉红色）不同，后者主要用于食用其果肉。
籽用西瓜原产于非洲西南部，后经由丝绸之路在唐代传入中国西北地区。它们通常结实，需要用力打开，因此也被称为“打瓜”。打瓜的瓜皮较厚，瓜瓢多为白色或浅黄色，且含糖量不高，因此瓜瓢通常不被食用，而是将瓜瓤去除后收集瓜子。
市面上的西瓜子通常来自特殊品种的籽用西瓜，如兰州的打瓜，其瓜子个头较大，黑边白心，饱满厚实，因此也被称为“兰州黑瓜子”或“兰州大板瓜子”。这些瓜子收获后，可以通过手工或机械化自动掏籽，并晾晒以保持其品质。
随着科技的发展，人们还发明了专门的收割机来收集打瓜中的西瓜子，提高了收集效率