在《命运石之门》中存档的方法如下：
1. 在游戏界面中，通常可以通过点击界面上的“玩”字图标来展开菜单，其中会包含“截图”和“存档”的选项。
2. 选择“存档”后，你会看到不同的存档分类，如“热门存档”、“我的备份”和“我的下载”。
3. 若要使用“我的备份”功能，需要登录你的拇指玩账号，若未注册则需先注册一个账号。
4. 另外，你也可以在游戏内通过点击鼠标右键，选择“Save”或“存档”来打开存档界面，然后按提示进行存档操作。
5. 对于PC版，存档位置通常位于`C:\Users\[用户名]\AppData\Roaming\Nitroplus\STEINS；GATE`。如果找不到存档文件，可能是因为它们被隐藏了。你可以尝试以下方法：
在控制面板的文件夹选项里选择“显示所有文件夹和文件”。
先运行一次游戏再退出，查看是否有存档文件生成。
在资源管理器的“选项 > 文件夹选项”中勾选“显示所有隐藏的文件与文件夹”。
确认存档位置是否确实在C盘，有时候存档文件可能被保存在其他盘符下。
请注意，使用快速存档（Quick Save）功能时，存档会在游戏关闭后自动消失。而使用常规存档（Save）功能时，存档文件会保存在指定位置，退出游戏后需要一点时间来同步存档。