《深夜食堂》的拍摄地点主要是在 中国台湾和大连。
中国台湾
台湾位于中国大陆东南沿海的大陆架上，东临太平洋，东北邻琉球群岛，南界巴士海峡与菲律宾群岛相对，西隔台湾海峡与福建省相望。台湾岛面积35882.6258平方千米，是中国第一大岛，地形海拔变化大，自然景观与生态资源丰富。
大连
大连，别称滨城，旧名达里尼、青泥洼，位于辽宁省辽东半岛南端，地处黄渤海之滨，背依中国东北腹地，与山东半岛隔海相望。大连是中国东部沿海重要的经济、贸易、港口、工业、旅游城市。
综上所述，《深夜食堂》的主要拍摄地点是中国台湾和大连，这两个地方分别展现了不同的地域特色和风情。