章莹颖被杀害的方式是极其残忍的。根据公开资料，她遭到同校物理学博士生布伦特·克里斯滕森的绑架、强奸，并遭受了以下暴行：
1. 克里斯滕森将章莹颖诱骗至家中，在卧室对她进行了强奸。
2. 他掐住章莹颖的脖子长达10分钟，导致她窒息。
3. 随后，他被带到浴室，用棒球棍猛击她的头部，将她的头颅劈开。
4. 最后，他用刀捅死了章莹颖，并残忍地割下了她的头颅。
在整个过程中，章莹颖不断反抗和挣扎，试图逃脱。凶手在作案后清理了他的公寓和汽车，但调查人员在其床垫、床基板、干墙、地毯下以及棒球棒上发现了血迹。
章莹颖的遗体至今未能找到，但布伦特·克里斯滕森在法庭上承认了自己的罪行，并被判处无期徒刑