贾宝玉的通灵玉丢失原因不明，根据《红楼梦》第九十四回的描述，当时贾府的众人聚集在怡红院欣赏冬季开放的海棠花，贾母、王夫人等人都去了那里。王熙凤因病未能出席，派平儿送来红绸避邪。当众人离开后，贾宝玉的通灵玉就不见了，尽管进行了寻找，但未能找到。
有观点认为，通灵玉的丢失是作者为了创造特殊情节而刻意安排的，目的是为了后续的情节发展，例如“金玉良缘”的安排。另一种观点认为，通灵玉有灵性，可能自己“躲猫猫”似的消失了，作者没有明确说明它的去向。
此外，还有解读认为，贾宝玉的玉可能象征着他的纯真本性，而他的玉丢失可能象征着他在贾府这个富贵乡中逐渐失去自我，最终选择离开，回归自然。