工程师证书通常由以下机构颁发：
1. 人力资源和社会保障部：负责工程师职称证书的颁发，这是全国通用的职称证书。
2. 中国工程师协会：颁发工程师证，这是对具有一定工程技术水平和专业能力的人员进行认证的一种证明。
3. 工业和信息化部教育与考试中心：颁发网络信息安全工程师、IT运维工程师、软件技术开发工程师等证书。
4. 各行业的协会或事业单位：可能颁发特定领域的工程师证书。
工程师证书的具体颁发单位可能因证书类型和认证机构的不同而有所差异。您可能需要根据您所持有的工程师证书类型，查询相应的官方信息以确认颁发单位