红米Note 3设置黑名单的步骤如下：
1. 打开手机的“设置”应用。
2. 向下滑动并找到“安全中心”选项，点击进入。
3. 在“安全中心”中找到“骚扰拦截”功能，并点击进入。
4. 在“骚扰拦截”页面，找到“黑名单号码”选项，点击进入。
5. 选择“添加黑名单”，根据页面提示选择添加方式，如手动输入号码、从联系人中选择、开头号码匹配或按地区拦截。
6. 根据选择的方式，完成号码的添加。通常需要选择拦截短信和拦截电话。
7. 添加完成后，返回设置页面，选择“拦截模式”，确保选择“只拦截黑名单”，这样只有黑名单中的联系人来电和短信会被拦截。
以上步骤适用于红米Note 3手机。