在Word文档中设置参考文献的步骤如下：
添加参考文献
在文档末尾添加参考文献，并确保每个参考文献前都有编号。
设置参考文献格式
选中参考文献标题，将其设置为黑体、三号字体。
右键点击参考文献标题，选择“段落”设置，将大纲级别设置为1级，行距设置为1.5倍行距。
编号设置
点击“开始”菜单中的“编号”按钮旁边的下拉箭头。
在弹出的对话框中，选择“编号样式”为“1,2,3...”或其他合适的样式。
点击“确定”保存设置。
交叉引用
在正文中需要引用参考文献的地方，点击“引用”菜单中的“交叉引用”。
在弹出的对话框中选择相应的参考文献。
点击“插入”，这样正文中就会出现交叉引用的编号。
上标格式
选中交叉引用中的编号，然后点击“开始”菜单中的“上标”按钮，这样编号就会显示为上标格式。
以上步骤适用于大多数情况下的参考文献格式设置。如果有特殊格式要求，可能需要进一步自定义编号格式和对齐方式。