琼州海峡火车过海的运输方式主要是通过火车轮渡。具体步骤如下：
火车拆分：
火车到达专门供火车渡海用的港口后，在两岸进行分解编组。通常，火车会被拆分成若干组，以适应渡轮的长度。
火车装载：
拆分后的火车车厢通过专调机车的作用，被推入渡轮上的特制铁轨。
固定火车：
火车推送上船后，会使用过渡车钩、铁鞋、绑扎铁链、垂直螺杆支撑器等方法将列车固定在船上，以确保航行安全。
渡轮航行：
火车固定好后，渡轮会搭载着火车渡过琼州海峡。渡轮上火车车厢会依靠渡轮供电，空调通常关闭。
火车重组：
抵达对岸后，在此等待的专调机车通过火车栈桥将分解的火车车厢取送出来，并在前方的火车待渡场重新编组，组成一列完整的火车后，再驶入前方的火车站。
琼州海峡火车轮渡是我国第一条跨海火车轮渡线，它连接了雷州半岛的海安港与海南岛的海口市，全长约24公里。
需要注意的是，目前琼州海峡尚未建设铁路桥梁或隧道，因此火车无法直接穿越海峡，轮渡成为连接两岸的主要方式