《旺角卡门》中被删减的内容主要包括：
1. 阿西向乌蝇哥借钱的一段，其中阿西最初向乌蝇哥借一千，后来又借两千，并提到对方运气好，决定再去打台球。
2. 乌蝇哥“做大事”前向阿西“一番交代”的一段中删减部分镜头，包括乌蝇哥离开时突然仰天大笑的场景。
此外，电影存在不同的结局版本，其中包括：
现主要流行结局：警察向华仔开枪，华仔中枪倒地，慢镜头抽搐后定格，电影结束。
加长版结局：与流行结局相似，但之后加入了警察局门帘的镜头。
台版“大团圆”结局：华仔中枪倒地后，镜头切到监狱里，张曼玉饰演的阿娥前去探望。