在Java中，循环输入二维数组可以通过以下步骤实现：
1. 声明和初始化二维数组。
2. 使用嵌套的for循环遍历数组的每一行和每一列。
3. 在内层循环中，获取用户输入并将其存储在数组中。
下面是一个示例代码，展示了如何循环输入一个3行4列的二维数组：
```java
import java.util.Scanner；
public class Main {
public static void main（String[] args） {
// 声明和初始化一个3行4列的二维数组
int[][] arr = new int；
// 使用Scanner获取用户输入
Scanner scanner = new Scanner（System.in）；
// 使用嵌套的for循环遍历数组的每一行和每一列
for （int i = 0； i < arr.length； i++） {
for （int j = 0； j < arr[i].length； j++） {
// 获取用户输入并存储在数组中
System.out.print（"Enter element at position （" + i + ", " + j + "）: "）；
arr[i][j] = scanner.nextInt（）；
}
}
// 打印二维数组
for （int i = 0； i < arr.length； i++） {
for （int j = 0； j < arr[i].length； j++） {
System.out.print（arr[i][j] + " "）；
}
System.out.println（）；
}
// 关闭Scanner
scanner.close（）；
}
}
运行上述代码，程序将提示用户输入一个3行4列的二维数组的每个元素，并在输入完成后打印出整个数组。