在Python中进行聚类分析，你可以使用以下包和库：
scikit-learn：
这是一个提供各种机器学习算法的开源Python库，其中包括K-means、层次聚类等聚类算法。
DESCtorch：
DESC算法是一种用于单细胞数据的聚类算法，DESCtorch是DESC算法的PyTorch版本实现，具有更好的扩展性。
NumPy：
提供高性能的N维数组对象和各种派生对象，如masked arrays和matrices，以及一系列用于操作这些对象的函数。
SciPy：
建立在NumPy之上，提供了许多高级的数值编程工具，包括优化、线性代数、积分、插值、特殊函数、信号和图像处理等。
Matplotlib：
一个绘图库，用于制作2D图形。
使用这些包，你可以进行数据聚类分析，并通过调整参数来观察聚类效果的变化。例如，使用scikit-learn的KMeans类进行聚类分析，并通过PCA算法对聚类后的数据进行降维，然后使用Matplotlib进行可视化。